در همین زمان شورای انقلاب تصویب کرد اعضای روحانی آن درهر یک در وزارتخانه‌ها مسؤولیتی را بر عهده گیرند. آیت‌الله خامنه‌ای معاون وزیر دفاع شد و هاشمی رفسنجانی به وزارت کشور رفت و دکتر باهنر به آموزش و پرورش.